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Comprensione dei codici identificativi comuni (ID) nei database di biologia

Comprensione dei codici identificativi comuni (ID) nei database di biologia


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So che è molto semplice, ma vorrei capirlo ed è difficile sapere da dove cominciare con un nuovo database.

ho l'output:

sp|Q9NZT1|CALL5_HUMAN

Tuttavia non sono sicuro a cosa si riferisca esattamente.

  • Q9NZT1 q identificatore univoco?
  • Anche CALL5_HUMAN è unico?
  • Si dovrebbero usare entrambi insieme per ottenere informazioni?

  • Quanti tipi di ID esistono?


Codici identificativi comuni di biologia.

  • PdB: 2BIB per esempio. Codice di 4 lettere per una struttura specifica.

  • Uniprot: Q9NZT1 per esempio. Una combinazione di sei lettere di numeri e lettere per un record TrEMBL o Swissprot. Questo record contiene informazioni sui domini e Uniprot si collega a molte cose utili come database di interazione, set di dati di ridondanza, ecc.

  • Pfam: X1WG39_DANRE Un ID uniprot seguito da un identificatore. Strettamente collegato con Uniprot, ma con un'enfasi sui domini.

  • NCBI: NP_000108.1 Ad esempio. Questi ID si collegano a un gene, un trascritto o una proteina in refseq. In un record NCBI ci sono due distinzioni principali nel prefisso del codice ID: asserzioni ipotetiche/automatiche (XM_, XR_ e XP_) e asserzioni curate manualmente (NM_, NR_ e NP_). Questo è seguito da un numero di 6 cifre e talvolta da un "." e un numero, che indica un'isoforma di giunzione.


ID Uniprot

Non sono sicuro di dove hai ottenuto questo output, quindi sembra una strana concatenazione di informazioni Uniprot.

Q9NZT1 è infatti l'ID Uniprot univoco. Questo è specifico per uniprot.

CALL5_HUMAN è il "nome del gene" o "Identificatore" e spesso si estende su diversi database per quel gene. È un po' più back-end, ma essenzialmente non è unico a causa delle isoforme di giunzione.

Ci sono molti ID in uniprot e molti tipi. Già sotto noterete che alcuni sono swiss prot, altri sono Trembl. Questi sono i tipi principali. Swissprot viene revisionato manualmente, mentre Trembl è una raccolta compilata automaticamente.

Esistono molti diversi tipi di codici di accesso con ogni database che utilizza la propria nomenclatura che incontrerai. Sfortunatamente, ce ne sono troppi da elencare qui in modo completo.


Identificatore

Gli identificatori sono simboli utilizzati per identificare in modo univoco un elemento del programma nel codice. Sono anche usati per fare riferimento a tipi, costanti, macro e parametri. Un nome identificativo dovrebbe indicare il significato e l'uso dell'elemento a cui si fa riferimento.

C# è un linguaggio di programmazione che viene compilato e ha la sua implementazione in modo che gli identificatori siano solo entità in fase di compilazione. Durante il runtime, ogni identificatore sarà riferito con il suo riferimento all'indirizzo di memoria e offset del compilatore assegnato al suo token identificativo testuale.


Suffissi comuni

(-asi): denota un enzima. Nella denominazione degli enzimi, questo suffisso viene aggiunto alla fine del nome del substrato.

(-derm o -dermis): riferito al tessuto o alla pelle.

(-ectomia o -stomia): attinente all'atto di asporto o asportazione chirurgica di tessuto.

(-emia o -aemia): riferito a una condizione del sangue o alla presenza di una sostanza nel sangue.

(-genico): significa dare origine, produrre o formare.

(-itis): denota infiammazione, comunemente di un tessuto o di un organo.

(-kinesis o -kinesia): indica attività o movimento.

(-lisi): riferito a degradazione, decomposizione, scoppio o rilascio.

(-oma): indica una crescita anormale o un tumore.

(-osis o -otic): indica una malattia o una produzione anormale di una sostanza.

(-otomy o -tomy): denota un'incisione o un taglio chirurgico.

(-penia): attinente a una carenza o mancanza.

(-phage o -phagia): l'atto di mangiare o consumare.

(-phile o -philic): avere un'affinità o una forte attrazione per qualcosa di specifico.

(-plasmo o -plasmo): riferito a un tessuto oa una sostanza vivente.

(-scope): denota uno strumento utilizzato per l'osservazione o l'esame.

(-stasi): indica il mantenimento di uno stato costante.

(-troph o -trophy): relativo al nutrimento o un metodo di acquisizione di nutrienti.


OBIETTIVI DI PRESTAZIONE PER LAB 15

Dopo aver completato questo laboratorio, lo studente sarà in grado di eseguire i seguenti obiettivi:

1. Nominare tre specie comuni clinicamente importanti di Stafilococco e indicare quale specie è più patogena.

2. Indicare le fonti e il portale di ingresso per la maggior parte Staphylococcus aureus infezioni.

3. Nomina e descrivi tre tipi di ascessi causati da Staphylococcus aureus.

4. Nomina quattro sistemici Staphylococcus aureus infezioni.

5. Indica il significato di Staphylococcus aureus enterotossina, l'esotossina TSST-1 e l'esotossina esfoliatina.

6. Assegna un nome all'infezione normalmente causata da Staphylococcus saprophyticus.

7. Indicare i tipi di infezioni più comunemente causate da stafilococchi coagulasi-negativi diversi da Staphylococcus saprophyticus.

ISOLAMENTO E IDENTIFICAZIONE DI STAPHYLOCOCCI

2. Descrivi le reazioni tipiche di S. aureus, S. epidermidis, e S. saprophyticus su ciascuno dei seguenti supporti:

un. Agar sangue (pigmento, emolisi, resistenza alla novobiocina)

B. Mannitolo Salt agar (per la fermentazione del mannitolo)

C. Agar DNasi (per l'enzima DNasi)

D. test della coagulasi con plasma di coniglio citrato

e. Staphyloslide® test per coagulasi legata e/o proteina A

1. Riconoscere gli stafilococchi in una preparazione per la colorazione di Gram.

2. Riconoscere un organismo come Staphylococcus aureus e indicare i motivi dopo aver visto i risultati di quanto segue:


Comprensione dei codici identificativi comuni (ID) nei database di biologia - Biologia

      • Condizione di istruzione Digest of Education StatisticsProiezioni di statistiche sull'istruzioneStudi di attualità
      • Programma nazionale di valutazione del progresso educativo (NAEP) per la valutazione internazionale delle competenze degli adulti (PIAAC)
      • Programma di attività internazionali (IAP)
      • Studio longitudinale della prima infanzia (ECLS) Indagine nazionale sull'istruzione delle famiglie (NHES)
      • Common Core of Data (CCD)Programma di studi longitudinali secondari Istruzione Stime demografiche e geografiche (EDGE) Indagine nazionale per insegnanti e presidi (NTPS) altro.
      • Programma di statistica della biblioteca
      • Baccalaureate and Beyond (B&B)Carriera/Statistiche dell'istruzione tecnica (CTES)Sistema integrato di dati sull'istruzione postsecondaria (IPEDS)Studio nazionale sugli aiuti agli studenti postsecondari (NPSAS)altro.
      • Common Education Data Standards (CEDS)Forum nazionale sulle statistiche sull'istruzioneProgramma di sovvenzione per i sistemi di dati longitudinali a livello statale - (SLDS)altro.
      • Formazione a distanza Dataset FormazioneCooperativa nazionale per l'istruzione post-secondaria (NPEC)Programma di standard statisticimore.
        • EDATDelta Cost ProjectIPEDS Data CenterCome richiedere la Licenza d'Uso Limitata
        • Tabelle ASC-EDData LabElementary Secondary Information SystemInternational Data ExplorerIPEDS Data CenterNAEP Data Explorer
        • ACS Dashboard College NavigatorScuole privateDistretti scolastici pubbliciScuole pubblicheRicerca di scuole e college
        • NAEP State Profiles (nationsreportcard.gov)Public School District Finance Peer SearchEducation Finance Statistics CenterIPEDS Data Center
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        • ACS-ED DashboardACS-ED MapsCollegeMapLocale LookupMapEdSAFEMapSchool and District Navigator
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        Il Centro nazionale per le statistiche sull'istruzione (NCES) è il principale ente federale per la raccolta e l'analisi dei dati relativi all'istruzione.

        Il file di dati di ricerca per la raccolta dei documenti degli studenti dell'inizio 2012 degli studenti post-secondari (BPS:12) è un rilascio di dati amministrativi esplorativi che sono resi disponibili solo per la ricerca sulla risposta dell'istituto e sulle metodologie di imputazione. » Maggiori informazioni

        Un rapporto First Look unico pubblicato da NCES descrive gli effetti della pandemia di COVID-19 sugli studenti post-secondari. » Maggiori informazioni

        Le spese correnti per alunno su base nazionale sono aumentate del 2,1 percento a $ 13,187 dal FY 19 al FY 18, a seguito di un aumento dello 0,9 percento tra FY 17 e FY 18, al netto dell'inflazione.

        Gli aumenti delle spese correnti per alunno dall'AF 18 all'AF 19 sono stati tra i cinque più alti in Oklahoma (10,3 percento), Washington (8,2 percento), Colorado (5,9 percento), California (5,5 percento) e West Virginia (3,9 percento). » Maggiori informazioni

        Un nuovo rapporto esamina le abilità alfabetiche e matematiche dei giovani adulti statunitensi mentre passano alla vita post-liceale e come queste sono correlate alla loro precedente competenza in lettura e matematica nel Programma per la valutazione internazionale degli studenti (PISA). » Maggiori informazioni

        Il Condizione di educazione è un rapporto annuale al Congresso che riassume importanti sviluppi e tendenze nel sistema educativo degli Stati Uniti. Il rapporto presenta 50 indicatori su argomenti che vanno dalla scuola materna all'istruzione post-secondaria, nonché i risultati della forza lavoro e confronti internazionali. Scopri come puoi utilizzare il Condizione di educazione per essere sempre informato sugli ultimi dati sull'istruzione.

        I punteggi sono riportati su una scala da 0 a 1.000. Vedere la Figura M2b dei risultati di TIMSS 2019 U.S. Highlights.
        FONTE: International Association for the Evaluation of Educational Achievement (IEA), Trends in International Mathematics and Science Study (TIMSS), 2019.

        Condizione di educazione

        Sfoglia gli indicatori chiave sulla condizione dell'istruzione negli Stati Uniti a tutti i livelli, dalla scuola materna alla scuola secondaria di primo grado, nonché i risultati della forza lavoro e i confronti internazionali. Gli indicatori riassumono importanti sviluppi e tendenze utilizzando le statistiche più recenti, che vengono aggiornate durante tutto l'anno man mano che si rendono disponibili nuovi dati.


        Spiegazione dei join SQL

        Un database relazionale è in definitiva solo una raccolta di tabelle di dati, ognuna delle quali è utile da sola, ma esponenzialmente più utile quando unita alle sue vicine. I futuri data scientist avranno un vantaggio sulla concorrenza se inizieranno il loro primo corso SQL con una conoscenza di base dei quattro tipi di join essenziali, che non solo unire dati sull'output ma anche filtro it per visualizzare un sottoinsieme specifico di record. Prima di esplorare come i join definiscono le relazioni tra le tabelle, tuttavia, dobbiamo prima capire cosa a campo chiave è.

        Campi chiave

        Discuteremo due tipi di campi chiave: chiavi primarie e chiavi esterne. Una chiave primaria è un campo o una colonna che identifica in modo univoco ogni riga o record nella tabella. Una tabella deve avere esattamente una chiave primaria per essere qualificata come relazionale, ma tale chiave può essere composta da più colonne.

        Una chiave esterna, invece, è uno o più campi o colonne che corrispondono alla chiave primaria di un'altra tabella. Le chiavi esterne sono ciò che consente di unire le tabelle tra loro.

        Nella serie di tabelle seguenti, ad esempio, kid_id è la chiave primaria per KIDS e chore_id è una chiave esterna corrispondente a un campo con lo stesso nome in CHORES. Nota che CHORES non ha una chiave esterna per KIDS.

        Potresti chiederti perché kid_name non è la chiave primaria per la tabella KIDS. I suoi valori sono effettivamente univoci per record, ma cosa succede se iniziamo ad aggiungere record alla tabella? Non appena un nuovo Steve diverso viene aggiunto alla tabella KIDS, kid_name smette di essere univoco per record. Questo è il motivo per cui è una buona idea che la chiave primaria abbia un solo lavoro: individuare i record.

        Poiché KIDS ha una chiave esterna corrispondente a una chiave primaria in CHORES (chore_id), sappiamo che possiamo unire queste due tabelle per crearne una. Come ciò accade, tuttavia, dipenderà dal tipo di join.

        Join esterni completi

        Il join di database di base è quello che è noto come join esterno completo. L'output contiene tutti gli ID primari in entrambe le tabelle e tutti i campi in entrambe le tabelle, indipendentemente dal fatto che i record abbiano corrispondenze nella tabella opposta. Se, nel diagramma sottostante, rappresentiamo i dati che appariranno nell'output utilizzando il colore blu, possiamo vedere che verranno restituiti tutti i record di entrambe le tabelle.

        Diamo un'occhiata a un nuovo esempio. Considera le seguenti tabelle trovate in un database universitario.

        Se eseguiamo un join SQL esterno completo su rm_id, mantenendo tutti gli ID primari in entrambe le tabelle e tutte le colonne, ordinando per course_id ascendente, otteniamo il seguente output:

        Poiché Psicologia dello sviluppo 2 non è stata ancora assegnata a una stanza, non ha una corrispondenza nella tabella ROOM. Allo stesso modo, HUM311 non è stato assegnato a un corso, quindi non ha alcuna corrispondenza nella tabella CORSO. Di conseguenza, ci sono molti valori null o vuoti nell'output, e questo è abbastanza tipico dei full outer join. L'obiettivo è quello di essere all-inclusive, il che non è il caso di altri tipi di join. Se, ad esempio, fossimo interessati solo ai corsi con aule, potremmo invece utilizzare un join esterno sinistro.

        Giunti esterni sinistro e destro

        I join esterni di sinistra utilizzano tutti gli ID primari della tabella di sinistra e tutti i campi di entrambe le tabelle. Nel diagramma seguente, vediamo che tutti i record della tabella di sinistra vengono visualizzati nell'output, insieme a quelli della tabella di destra, purché abbiano corrispondenze a sinistra.

        Facendo riferimento al nostro esempio collegiale, un join esterno sinistro delle due tabelle originali produrrebbe quanto segue:

        Nota che HUM311 non si trova da nessuna parte su questa tabella. Questo perché non ha né una chiave primaria nella tabella di sinistra (perché è una stanza, non un corso) né è associata a un corso. Stiamo iniziando a vedere come i join possono agire come filtri limitando i record restituiti dalla query.

        L'opposto speculare di un join esterno sinistro è, come avrai intuito, un join esterno destro. In un join esterno destro, tutti gli ID primari della tabella destra vengono visualizzati nell'output insieme a tutte le colonne di entrambe le tabelle.

        Questa volta, è la classe PSY302 che non fa il taglio.

        Tutte le aule entrano automaticamente in uscita, ma gli unici corsi che verranno restituiti, in questo caso, sono quelli con aule assegnate. A PSY302 non è stata ancora assegnata una stanza ed è quindi esclusa dalla tabella risultante.

        Join SQL interni

        Il quarto e ultimo tipo di join di base è un inner join. Qui, gli unici record che vogliamo restituire in output sono quelli a cui si fa riferimento in entrambi tabelle.

        Quindi, nel nostro esempio di corsi e aule, i corsi senza aule sono fuori, così come le aule senza corsi. Questo ci lascia solo i corsi di scienze e le rispettive aule:

        Semi join e anti join

        Interno, esterno sinistro, esterno destro e esterno completo sono i quattro tipi di join di base che dovresti conoscere quando stai appena entrando in SQL, ma ci sono anche altri join meno comuni da esplorare. Semi join, a differenza dei join che abbiamo visto finora, non farlo restituisce tutte le colonne di entrambe le tabelle. Invece, restituiscono semplicemente le colonne della tabella di sinistra e i record con le corrispondenze nella tabella di destra. Se dovessimo schematizzare questo concetto, potrebbe assomigliare a questo:

        L'output sarebbe simile all'output risultante da un join interno, tranne per la mancanza di colonne specifiche per la tabella B (ROOM):

        Un anti join è l'opposto di un semi join restituiamo solo record dalla tabella A che non hanno corrispondenze nella tabella B.

        Poiché solo il corso di Psicologia non ha una stanza assegnata, sarebbe l'unico record a comparire in uscita:

        Una volta che hai capito questi tipi di join di base, puoi esplorare i join formule, come quelli che contengono istruzioni condizionali, intervalli e calcoli! SQL è un linguaggio così versatile che le opzioni di unione sono praticamente infinite. La comprensione di questi quattro concetti principali ti aiuterà a prepararti per altre lezioni su database, data science e analisi.


        Strutture di database

        Tutte le piattaforme di database supportate hanno una configurazione simile di tabelle e origini dati.

        Questo diagramma illustra proprietari e database per quattro diverse piattaforme:

        Figura 5-1 Esempio di proprietari e struttura dei database

        Oracle Structure e JD Edwards EnterpriseOne

        L'architettura di base di un database Oracle include molte diverse strutture di archiviazione logiche e fisiche.

        In genere, un database Oracle è suddiviso in una o più strutture di archiviazione logiche. Le strutture di livello più alto sono i tablespace e lo schema utente. Queste strutture forniscono due categorie in cui i dati possono essere raggruppati logicamente. I dati appartenenti a un tablespace possono appartenere a schemi diversi e i dati per uno schema possono appartenere a tablespace diversi.

        Le unità di archiviazione fisica del database, i file di dati, sono associati ai tablespace secondo la struttura logica del database. Ad esempio, i tablespace possono essere creati per separare diverse categorie di dati. I tablespace sono divisi in divisioni logiche più piccole chiamate segmenti, che sono ulteriormente suddivise in estensioni e blocchi di dati. Questi livelli di archiviazione dei dati consentono il controllo su come i file di dati sono allocati per l'archiviazione fisica.

        Uno schema è un insieme di oggetti associati a un utente. Gli oggetti dello schema includono tabelle e altre strutture di dati utilizzate dal database. Questi oggetti non corrispondono direttamente ai file di dati archiviati sul server. I dati di ciascun oggetto vengono archiviati in uno o più file di dati all'interno di un tablespace. È possibile specificare lo spazio allocato per le tabelle e alcuni altri oggetti.

        Uno schema è un insieme di oggetti associati a un utente. Gli oggetti dello schema includono tabelle e altre strutture di dati utilizzate dal database. Questi oggetti non corrispondono direttamente ai file di dati memorizzati sul server. I dati di ciascun oggetto vengono archiviati in uno o più file di dati all'interno di un tablespace. È possibile specificare lo spazio allocato per le tabelle e alcuni altri oggetti.

        Questo diagramma illustra la struttura Oracle con JD Edwards EnterpriseOne:

        Figura 5-2 Struttura Oracle e JD Edwards EnterpriseOne

        Struttura di SQL Server e JD Edwards EnterpriseOne

        SQL Server fornisce una piattaforma completa che semplifica la progettazione, la creazione, la gestione e l'utilizzo di soluzioni di data warehousing che consentono all'organizzazione di prendere decisioni aziendali efficaci basate su informazioni tempestive e accurate. SQL Server fornisce nove database separati con JD Edwards EnterpriseOne durante un'installazione.

        Questo diagramma illustra la struttura SQL con JD Edwards EnterpriseOne:

        Figura 5-3 Struttura SQL con JD Edwards EnterpriseOne

        DB2 per IBM i Server Structure e JD Edwards EnterpriseOne

        DB2 per IBM i è il gestore di database relazionale completamente integrato e fornisce numerose funzioni e caratteristiche come trigger, procedure memorizzate e indicizzazione bitmap dinamica che servono un'ampia varietà di tipi di applicazioni. Queste applicazioni spaziano dalle tradizionali applicazioni basate su host alle soluzioni client/server fino alle applicazioni di business intelligence.

        Nel sistema IBM i, ogni file (chiamato anche oggetto file) ha una descrizione che descrive le caratteristiche del file e come i dati associati al file sono organizzati in record e campi nei record. Il sistema operativo utilizza questa descrizione ogni volta che viene elaborato un file.

        Le installazioni di DB2 per IBM i memorizzano tutte le tabelle nelle rispettive origini dati in un unico database.

        Questo diagramma illustra la struttura DB2 per IBM i con JD Edwards EnterpriseOne:

        Figura 5-4 Struttura DB2 per IBM i con JD Edwards EnterpriseOne

        IBM DB2 per LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4 Struttura per JD Edwards EnterpriseOne

        Ogni elemento di dati in un database è archiviato in una colonna di una tabella e ogni colonna è definita per avere un tipo di dati. Il tipo di dati pone dei limiti ai tipi di valori che puoi inserire nella colonna e alle operazioni che puoi eseguire su di essi. DB2 per IBM i include una serie di tipi di dati incorporati con caratteristiche e comportamenti definiti: stringhe di caratteri, numeri, valori di data e ora, oggetti di grandi dimensioni, null, stringhe grafiche, stringhe binarie e collegamenti dati.

        Quando si organizzano i dati in tabelle, è utile raggruppare tabelle e altri oggetti correlati. Questo viene fatto definendo uno schema. Le informazioni sullo schema sono conservate nelle tabelle del catalogo di sistema del database a cui si è connessi. Man mano che vengono creati altri oggetti, è possibile posizionarli all'interno di questo schema.

        Ogni schema ha un set di quattro tablespace dedicati in cui i dati sono archiviati fisicamente. IBM consiglia di archiviare ogni tablespace su un'unità disco separata.

        Questo diagramma illustra la struttura IBM DB2 per LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4 con JD Edwards EnterpriseOne:

        Figura 5-5 Schemi e tablespace per IBM DB2 per LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4

        Figura 5-6 Schemi e tablespace per IBM DB2 per LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4


        Comprensione dei codici identificativi comuni (ID) nei database di biologia - Biologia

        Il Federal Bureau of Investigation (FBI) degli Stati Uniti è stato un leader nello sviluppo della tecnologia di tipizzazione del DNA da utilizzare nell'identificazione degli autori di crimini violenti. Nel 1997, l'FBI ha annunciato la selezione di 13 loci STR per costituire il nucleo del database nazionale degli Stati Uniti, CODIS. Tutti i CODIS STR sono sequenze ripetute tetrameriche. Tutti i laboratori forensi che utilizzano il sistema CODIS possono contribuire a una banca dati nazionale. Gli analisti del DNA come Bob Blackett possono anche tentare di abbinare il profilo del DNA delle prove sulla scena del crimine ai profili del DNA già presenti nel database.

        I vantaggi del sistema CODIS STR sono numerosi:

        • Il sistema CODIS è stato ampiamente adottato dagli analisti forensi del DNA
        • Gli alleli STR possono essere determinati rapidamente utilizzando kit disponibili in commercio.
        • Gli alleli STR sono discreti e si comportano secondo i principi noti della genetica delle popolazioni
        • I dati sono digitali, e quindi ideali per banche dati informatiche
        • I laboratori di tutto il mondo stanno contribuendo all'analisi della frequenza dell'allele STR in diverse popolazioni umane
        • I profili STR possono essere determinati con quantità molto piccole di DNA

        Un profilo del DNA: i 13 luoghi CODIS STR

        Come parte della sua formazione e dei test di competenza per l'analisi del profilo del DNA dei polimorfismi STR (Short Tandem Repeat), il medico legale e analista del DNA Bob Blackett ha creato un profilo del DNA sul proprio DNA. Ecco il profilo del DNA di Bob per i 13 principali loci genetici del database nazionale degli Stati Uniti, CODIS (Combined DNA Index System):


        luogo D3S1358 vWA FGA D8S1179 D21S11 D18S51 D5S818
        Genotipo 15, 18 16, 16 19, 24 12, 13 29, 31 12, 13 11, 13
        Frequenza 8.2% 4.4% 1.7% 9.9% 2.3% 4.3% 13%

        luogo D13S317 D7S820 D16S539 THO1 TPOX CSF1PO AMEL
        Genotipo 11, 11 10, 10 11, 11 9, 9.3 8, 8 11, 11 X Sì
        Frequenza 1.2% 6.3% 9.5% 9.6% 3.52% 7.2% (Maschio)

        Per ogni locus genetico, Bob ha determinato il suo "genotipo" e la frequenza prevista del suo genotipo in ogni locus in un campione rappresentativo di popolazione. Ad esempio, nel locus genetico noto come "D3S1358", Bob ha il genotipo "15, 18". Questo genotipo è condiviso da circa l'8,2% della popolazione. Combinando le informazioni sulla frequenza per tutti e 13 i loci CODIS, Bob può calcolare che la frequenza del suo profilo sarebbe 1 su 7,7 quadrilioni di caucasici (1 su 7,7 per 10 alla quindicesima potenza!

        Nel lavoro forense sul DNA di Bob, confronta spesso il profilo del DNA di prove biologiche da una scena del crimine con un campione di riferimento noto di una vittima o di un sospetto. Se due campioni hanno genotipi corrispondenti in tutti i 13 loci CODIS, è praticamente certo che i due campioni di DNA provenissero dallo stesso individuo (o da un gemello identico).


        • Il sistema di classificazione è in continua evoluzione con il progresso della tecnologia.
        • Il sistema di classificazione più recente include cinque regni che sono ulteriormente suddivisi in phylum, classe, ordine, famiglia, genere e specie.
        • Ai microrganismi viene assegnato un nome scientifico utilizzando la nomenclatura binomiale.
        • DNA impronte digitali: Un metodo per isolare e mappare le sequenze del DNA di una cellula per identificarlo.

        La vita sulla Terra è famosa per la sua diversità. In tutto il mondo possiamo trovare molti milioni di diverse forme di vita. La classificazione biologica aiuta a identificare ogni forma in base a proprietà comuni (somiglianze) utilizzando un insieme di regole e una stima di quanto sia strettamente correlata a un antenato comune (relazione evolutiva) in modo da creare un ordine. Imparando a riconoscere determinati modelli e a classificarli in gruppi specifici, i biologi sono in grado di comprendere meglio le relazioni che esistono tra una varietà di forme viventi che abitano il pianeta.

        Figura: Classificazione di E. coli: Dominio: Batteri, Regno: Eubatteri, Phylum: Proteobatteri, Classe: Gammaproteobatteri, Ordine: Enterobatteri, Famiglia: Enterobacteriaceae, Genere: Escherichia, Specie: E. coli.

        Il primo, più grande e più inclusivo gruppo in cui sono classificati gli organismi è chiamato dominio e ha tre sottogruppi: batteri, archae ed eukarya. Questo primo gruppo definisce se un organismo è un procariota o un eucariota. Il dominio è stato proposto dal microbiologo e fisico Carl Woese nel 1978 e si basa sull'identificazione di somiglianze nelle sequenze di RNA ribosomiale dei microrganismi.

        Il secondo gruppo più numeroso è chiamato regno. Sono stati descritti cinque regni principali e includono procarioti (ad esempio archae e batteri), protoctista (ad esempio protozoi e alghe), funghi, plantae e animalia. Un regno è ulteriormente suddiviso in phylum o divisione, classe, ordine, famiglia, genere e specie, che è il gruppo più piccolo.

        La scienza della classificazione degli organismi è chiamata tassonomia e i gruppi che compongono la gerarchia di classificazione sono chiamati taxa. La tassonomia consiste nel classificare nuovi organismi o riclassificare quelli esistenti. I microrganismi sono scientificamente riconosciuti utilizzando una nomenclatura binomiale che utilizza due parole che si riferiscono al genere e alla specie. I nomi assegnati ai microrganismi sono in latino. La prima lettera del nome del genere è sempre in maiuscolo. La classificazione dei microrganismi è stata ampiamente aiutata dagli studi sui fossili e recentemente dal sequenziamento del DNA. I metodi di classificazione sono in continua evoluzione. I metodi più utilizzati per classificare i microbi sono le caratteristiche morfologiche, la colorazione differenziale, i test biochimici, l'impronta digitale del DNA o la composizione della base del DNA, la reazione a catena della polimerasi e i chip del DNA.


        Mescolare e abbinare gli amminoacidi

        Quando vengono utilizzati i ribosomi nel processo di sintesi proteica? Quando la cellula ha bisogno di produrre una proteina, l'mRNA viene creato nel nucleo. Il mRNA viene quindi inviato fuori dal nucleo e ai ribosomi. Quando è il momento di produrre la proteina, le due subunità si uniscono e si combinano con l'mRNA. Le subunità si agganciano all'mRNA e avviano la sintesi proteica.

        Il processo di produzione delle proteine ​​è abbastanza semplice. Per prima cosa, hai bisogno di un amminoacido. Un altro acido nucleico che vive nella cellula è trasferire RNA. Il tRNA è legato agli amminoacidi che galleggiano intorno alla cellula. Con le istruzioni di offerta dell'mRNA, il ribosoma si connette a un tRNA e estrae un amminoacido. Il tRNA viene quindi rilasciato nuovamente nella cellula e si lega a un altro amminoacido. Il ribosoma costruisce una lunga catena di amminoacidi (polipeptide) che alla fine farà parte di una proteina più grande.


        Guarda il video: MEMAHAMI PRINSIP DASAR DAN APLIKASI PERMODELAN PROTEIN DENGAN KOMPUTASI In Silico (Dicembre 2022).