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Programmazione di base e bioinformatica

Programmazione di base e bioinformatica


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Come studente laureato in biologia molecolare ho deciso di imparare un po' di programmazione di base e bioinformatica poiché tutti dicono che è fondamentale. Ad esempio, cosa impareresti se dovessi lavorare con dati RNA-Seq, confrontarli e interpretarli?

Grazie!


In effetti la domanda è ampia e credo piuttosto difficile rispondere. proverò. Accolgo con favore la modifica per migliorare questa risposta.

Il campo della bioinformatica è un grande campo. I bioinformatici hanno bisogno di conoscenze di base in

  • biologia
  • genetica molecolare
  • Genetica di popolazione
  • programmazione
  • statistiche

Puoi trovare corsi di statistica applicata alla bioinformatica qui (R-language) e qui (non ho guardato queste fonti).

Come iniziare a programmare? - Pitone

Sembri essere principalmente interessato alla programmazione. penso che Pitone è un ottimo inizio per entrare in contatto con la programmazione. La programmazione potrebbe sembrare un po' spaventosa quando non sai davvero di cosa si tratta, ma puoi facilmente, in pochi giorni, acquisire conoscenze di base in questo campo e risolvere già alcuni problemi piuttosto accurati. Molte persone si divertono molto ad imparare a programmare. E probabilmente rimarrai stupito da tutta la potenza che questo strumento ti offrirà. Personalmente mi è piaciuto molto imparare a programmare in Python. L'ho fatto (ero principalmente interessato alla programmazione orientata agli oggetti, imparerai cosa significa) in un giorno o due con una fonte molto buona ma sfortunatamente questa fonte non è disponibile in inglese. Ma ci sono tonnellate di documenti introduttivi, non avrai difficoltà a trovarne uno buono. Ti consiglierei di scaricare direttamente Python e di guardare i corsi online su khan academy o EdX (non li ho guardati).

Analisi dei dati - R

Sebbene Python sia molto popolare, penso che, come biologo, sia molto importante che tu lo sappia R. R è un linguaggio di programmazione lento (rispetto a Python, C, Java,...) ma è molto utile per l'analisi statistica e la visualizzazione dei dati. Inoltre, molte persone usano R in bioinformatica (in genere per l'analisi filogenetica). Penso che acquisire conoscenze di base in R richieda più tempo che in Python perché tendiamo ad usare R a causa della sua enorme quantità di funzioni già esistenti e quindi, dobbiamo imparare molte di queste funzioni prima di capire che R può davvero essere molto più utile di Python per alcune attività.

Riga di comando - Script di shell

Script di shell (BASH per esempio) è anche un linguaggio molto specifico e molto importante. Molto utile per manipolare, trasferire file, gestire processi o praticamente tutto ciò che sta accadendo sul tuo computer.

Altro

C e C++ sono molto veloci e anche molto usati. Perla è comunemente usato per l'analisi della sequenza genomica (sebbene Perl stia lentamente perdendo utenti a vantaggio di Python).

Utilità della programmazione

Chiedi anche dell'utilità della programmazione. Bene, è usato praticamente in tutte le aree della biologia. Viene utilizzato per analizzare dati empirici, simulazioni al computer in genetica delle popolazioni, teoria dei grafi, annotazioni di sequenze di DNA,... Immagino che il 98% dei biologi abbia almeno una conoscenza di base della programmazione. Il punto principale della programmazione è che esegue i calcoli molto più velocemente di qualsiasi cosa tu possa mai realizzare con la tua calcolatrice. Tipicamente, in bioinformatica, l'analisi delle sequenze di DNA richiede spesso un calcolo molto intenso e richiede una grande potenza di calcolo. Processi come la costruzione di alberi filogenetici, la determinazione della bontà di adattamento dei modelli evolutivi, l'annotazione del DNA, l'allineamento delle sequenze di DNA, l'analisi dei microarray e molte altre cose sono tutti i tipi di attività che richiedono programmazione.


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